La méthodologie de calcul est explicitée dans le guide des prérequis et des objectifs publié sur le portail esante.gouv.fr de l'Agence Numérique en Santé.

Elle s'appuie notamment sur la Note d’information n° DGOS/PF2/2019/207 du 26 septembre 2019 relative à la définition et au suivi des ressources et des charges des systèmes d’information hospitaliers. Cette note s'applique également aux établissements privés.​

​Dans les 1.7% du budget numérique des établissements de santé, la rémunération des personnels (annexe c) n'est pas prise en compte. Afin de pouvoir comparer le budget déclaré par les candidats dans l’objectif 5 à ces 1.7%, les salaires ne sont pas à intégrer au calcul du budget dédié au numérique dans l’objectif D1-O5.​

​Dans la même logique, le montant des subventions CaRE doit être traité de la même façon que les autres subventions (et donc a priori pas déduite du montant du budget calculé).​