L’interopérabilité permet d’échanger des documents entre deux logiciels et une lecture/intégration de ceux-ci (structuration) sans que ceux-ci ne soient déformés (non traduits) et de les trouver au bon endroit dans le dossier de l’usager/patient. 

Un des enjeux de MSSanté est de favoriser cette interopérabilité, c’est-à-dire, à l'image d'une discussion entre deux personnes, les outils des professionnels doivent se comprendre et parler la même langue, le même langage technique.