Le CI-SIS est constitué de volets de spécifications syntaxiques (structuration et format des données) et sémantiques (jeux de valeurs et terminologies de référence). Ces volets sont organisés en trois couches :

• Couche Métier, dont les volets spécifient les contenus métier échangeables. Il s'agit :
  • du volet de référence Structuration minimale des documents de santé (pour l'entête des documents CDA),
  • du volet de référence Modèles de contenus CDA (sections, entrées et éléments CDA) ;
  • des volets spécifiques à chaque modèle de documents (médicaux, médico-sociaux, etc...) ;
• Couche Service, dont les volets spécifient les fonctionnalités mises en œuvre ainsi que les échanges de données permettant de les activer.
• Couche Transport, dont les volets spécifient le transport de l’information. 

À ces volets s’ajoutent des annexes, des ressources terminologiques et des outils de vérification de conformité qui peuvent être spécifiques à une couche ou transversaux