Certaines données (noms, prénoms, villes, etc.) ne sont pas normalisées. Par exemple, pour les prénoms, on retrouve « JEAN-PIERRE » ; « JEAN- PIERRE » ou « JEAN PIERRE ». Quelques adresses mail sont mal formatées et quelques données sont précédées ou suivies d’espaces typographiques.

Les données publiées par l’Annuaire Santé sont les données enregistrées par les autorités d’enregistrement (Ordres, ARS, Service de Santé des Armées ou structure où exerce le professionnel). L’Agence du Numérique en Santé reçoit donc leurs données et les publient telles quelles.​

L’Agence du Numérique en Santé travaille à l’uniformisation et à la qualité des données, en collaboration avec les différentes autorités d’enregistrement.​