Les types de logiciels éligibles au référencement Ségur sont : 

• DPI, PFI, RI pour les activités d'hospitalisation,
• RIS pour les activités d'imagerie,
• LGC pour les médecins de ville,
• LGO pour les activités d'officine,
• DUI pour les secteurs social et médico-social,
• SGL, transcodeur LOINC pour la biologie médicale,
• Service de Messagerie sécurisée de santé pour les opérateurs MSSanté,
• Solutions d'Agenda pour le service d'accès aux soins (SAS).