Le référentiel d'identification électronique est rendu opposable par arrêté des ministres chargés de la santé, de l’action sociale et de la défense, conformément au code de la santé publique, Art. L. 1470-1. à Art. L. 1470-6 (arrêté du 28 mars 2022).
Le respect du référentiel d'identification électronique engage dès lors la responsabilité des responsables de traitement assujettis à ce référentiel. En particulier, la Commission Nationale de l'Informatique et des Libertés (CNIL) peut diligenter des audits et sanctionner les établissements pour un défaut d'application du référentiel d'identification électronique.